La devise habituelle de Jean-Pierre de Mesmes est Coelum non solum. On trouve toutefois, notamment à la suite d'une épitaphe de Colet, la variante Coelum solum qui en inverse le sens.

À la suite de La Croix du Maine, on a pu supposer que Jean-Pierre de Mesmes était non pas le neveu mais plutôt le fils naturel de Jean-Jacques. Émile Picot comme Nicole Bingen (voir bibliographie) préfèrent s'en remettre à ce qu'en disent les intéressés eux-mêmes et conservent plutôt le lien avunculaire. Même s'il est en effet courant que des enfants illégitimes soient présentés comme les neveux de leur père, les arguments avancés par les deux critiques, textes à l'appui, sont solides et nous les suivons ici.

On ne peut par ailleurs penser, comme l'indique par exemple la notice du Dictionnaire des Lettres Françaises. XVI^e siècle (édition consultée : 2001), que ce serait Henri de Mesmes qui serait le père de Jean-Pierre, puisque Henri est assurément plus jeune que Jean-Pierre (mais les nombreux homonymes de cette famille ont pu causer cette confusion).

Probablement originaire du Sud de la France (Mont-de-Marsan ? Roquefort ?), bassin de la famille de Mesmes, peut-être évangélique et sans doute installé près de Condom après 1560.