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De sa première union avec Perrette Edinthon (ou De Hesdin ; de Tinton) il a six enfants, nés entre c. 1543-c. 1557. Une de ses filles, prénommée Lucrèce, née en 1545, est mariée en 1559 à Robert I Ballard.
En 1559, il épouse en secondes noces Claude Le Coigneux.
À ne pas confondre :
avec son homonyme et parent avocat en la cour de Parlement (voir fiche 527), frère de Robine Dugué et oncle de Charles Fontaine ; et surtout avec son propre fils aîné, Jehan II, né le 19 janvier 1543 (peut-être 1544 nouveau style), également organiste, joueur d'épinette et valet du chambre du roi, mais mort pour sa part après 1572 (alors que le nôtre, encore vivant en 1568, ne l'est déjà plus en 1570 quand Claude Le Coigneux se remarie avec Martin Mingon) : dans la dernière décennie de la vie de Jehan I, père et fils sont difficiles à clairement distinguer (voir Isabelle Handy, en bibliographie).