en premières noces à Claire Faure (entre 1516 et 1522 et au moins jusqu'en 1529), dont il a Jean Du Choul né c. 1526, botaniste (à ne pas confondre avec le cousin de Guillaume, de même prénom, marié à Jeanne Scève).
remarié en 1532 à Madeleine Allegrin, dont il a Claude et Madeleine Du Choul.