Publie en France dans les années 1540. Collabore avec Denis Janot puis sa veuve Jeanne de Marnet en 1544-1545.

Réformé, il est notamment l'auteur d'un ouvrage mis à l'index en 1555 (Rencontres chrestiennes - USTC : 94708, voir bibliographie, De Bujanda et alii). Il est reçu bourgeois de Genève en juillet 1563. Dans cette ville, il exerce la profession d'imprimeur-libraire. On connaît de lui, publié à la suite de l'Anatomie de la messe et du Messel, Genève, 1555, p. 445, un sonnet post-liminaire (l'ouvrage, publié hors de l'espace géographique retenu pour la base, n'y figure pas, mais nous indiquons en bibliographie un lien vers le texte). Dès 1551, il donne un liminaire à La Desconfiture de Goliath de Joachim Coignac, parue à Genève (voir Élise Rajchenbach, p. 650-651).

Il est possible que la devise de Jacques Bourgeois, "J'attends le temps", soit tirée de l'incipit d'une chanson de Clément Janequin publiée en 1540 (pour un enregistrement de cette chanson, voir le lien Youtube en bibliographie). Notre Jacques Bourgeois doit être distingué de l'auteur ou des auteurs de même nom d'inspiration clairement catholique. L'un compose un Chant funèbre sur la mort du duc de Guise en 1563 (USTC : 56829). C'est peut-être le même (à moins qu'il s'agisse d'un troisième homonyme plus jeune) qui se présente comme "ministre de l'ordre de la sainte trinité" à Douai et publie de nombreux ouvrages dans le nord de la France (Arras, Douai) entre 1579 et 1600.